Aufgrund der drohenden Stilllegung der Eisenbahnstrecken in Düren am Anfang der 1990er Jahre trat der Kreis Düren in Verhandlungen zur Übernahme der Strecken der Deutschen Bahn durch die Dürener Kreisbahn (DKB). Das Ergebnis der Verhandlungen war die Übernahme der beiden Strecken Düren – Heimbach sowie Düren – Linnich. Am 25.03.1993 ging die erste Rurtalbahn unter der Flagge der DKB auf Jungfernfahrt. Mit der Übernahme der Strecke entwickelte die Rurtalbahn auch ein neues Fahrzeugkonzept. Durch Mittel des Verkehrsministeriums Nordrhein-Westfalen konnten 1993 17 Niederflurtriebwagen des Typs RegioSprinter bestellt werden, die mehr als 25 Jahre das Bild der Rurtalbahn prägten. In den Folgejahren wurde die Strecke zudem stark modernisiert und eine Vielzahl neuer Haltepunkte errichtet, wodurch das Verkehrsangebot gesteigert wurde.

Die Inbetriebnahme der Werkstatt auf dem Betriebshof in Distelrath ermöglicht es der Rurtalbahn seit 1998, die Regiosprinter und Güterlokomotiven in einer modernen Betriebswerkstatt zu warten und instand zu halten. Zudem ist die Werkstatt für Dritte geöffnet. So wartet die Werkstatt der Rurtalbahn neben Triebfahrzeugen bspw. auch die Busse der Rurtalbus (ehemals DKB).

Im Juni 2002 wurde die Strecke Jülich – Linnich für den Personenverkehr wieder in Betrieb genommen. Hierfür erneuerte die Rurtalbahn sämtliche Haltepunkte entlang der Strecke. Die gesamte Strecke wurde mit moderner Zugsicherungstechnik ausgestattet und die Geschwindigkeit auf der Strecke wurde erhöht, um somit attraktivere Fahrzeiten zu erzielen.

Mit dem Fahrplanwechsel 2005/2006 erweiterte die Rurtalbahn, und hiermit die RATH Gruppe, ihre Tätigkeiten im Schienenpersonennahverkehr. Nach dem Gewinn der Odenwaldbahn-Ausschreibung gründete die Rurtalbahn, zusammen mit der Verkehrsgesellschaft Frankfurt am Main mbH (VGF), die VIAS GmbH. Somit betreibt die RATH Gruppe nunmehr zwei SPNV-Netze. Das Netz der Odenwaldbahn verbindet Frankfurt am Main mit den Städten Darmstadt, Hanau sowie dem Odenwaldkreis.

Der Erfolg der Rurtalbahn im Güterverkehrssektor ermöglichte die Expansion ins europäische Ausland. Im Jahr 2006 vollzog die Rurtalbahn den Anteilskauf an der belgischen TrainsporT AG und im Jahr darauf kam es zur Gründung der niederländischen Rurtalbahn Benelux B.V. in Rotterdam. Die Güterverkehrssparte der Rurtalbahn entwickelte sich damit kontinuierlich zu einem international tätigen Güterverkehrsunternehmen weiter und bediente ab diesem Zeitpunkt die größten Seehäfen Europas aus erster Hand.

Im Jahr 2010 gewann die RATH Gruppe die Ausschreibung für die RheingauLinie, womit der Schienenpersonennahverkehr um ein Streckennetz mehr erweitert wurde. Die Verbindung von Frankfurt und Wiesbaden nach Koblenz und Neuwied wurde zum Fahrplanwechsel 2010/2011 von der VIAS GmbH in Betrieb genommen.

2010 erhielt die Rurtalbahn den Zuschlag vom Nahverkehr Rheinland für den Weiterbetrieb des Streckenabschnitts Düren – Heimbach bis 2025. Dadurch konnten mit der Vergabe des Betriebs bis 2025 auch neue Triebfahrzeuge erworben werden. So werden seit 2011 zunehmend Fahrzeuge des Typs RegioSprinter durch moderne Triebfahrzeuge des Typs RegioShuttle ausgetauscht.

Durch den weiterhin bestehenden Erfolg der Güterverkehrssparte der Rurtalbahn sollte diese ausgegliedert werden. Das Ergebnis war die Rurtalbahn Cargo GmbH als eigenständiges und 100%-iges Tochterunternehmen der RATH Gruppe, mit eigenem Sitz am Standort Aachen. Auch die Rurtalbahn Benelux B.V. und die TrainsporT AG wurden ausgegliedert. Seit dem Jahr 2016 firmieren alle Gütververkehrsfirmen der RATH Gruppe unter dem Namen „RTB CARGO“.

Zum Fahrplanwechsel 2011/2012 wurde der neue Kreuzungsbahnhof Huchem-Stammeln in Betrieb genommen. Aufgrund knapper zeitlicher Übergänge und Reaktionszeiten auf der Strecke Düren – Linnich war ein weiterer Kreuzungspunkt notwendig geworden. Gemeinsam mit dem Aufgabenträger Nahverkehr Rheinland (NVR) und dem Kreis Düren wurde ein Konzept erarbeitet, dass den Neubau eines Mittelbahnsteiges, den Einbau von zwei Weichen, den Neubau eines elektronischen Stellwerkes und die Anpassung der Bus-Schiene-Verknüpfung vorsah. Das Projekt, in das über 4 Millionen Euro investiert wurde, ermöglichte eine reibungslosere Verbindung von Fahrgästen aus dem Norden Dürens zu den Anschlusszügen der RE 1 und RE 9 im Dürener Bahnhof.

Im Jahr 2011 begann die Rurtalbahn mit der Reaktivierung der Strecke der Wurmtalbahn zwischen Heinsberg und Lindern. Das 12,2 km lange Streckennetz wurde zum Fahrplanwechsel 2013/2014 fertiggestellt, sodass der Fahrbetrieb ab diesem Zeitpunkt wieder aufgenommen werden konnte und die Stadt Heinsberg seitdem wieder an das Eisenbahnnetz angeschlossen war.

Zum Fahrplanwechsel 2015/2016 startete die Rurtalbahn den Betrieb der Eifel-Bördebahn im Auftrag des NVR. Die Rurtalbahn übernahm damit den Betrieb von der ehrenamtlichen IG Rurtalbahn. Die als RB 28 bezeichnete Linie verkehrte im 180 Minuten-Takt zwischen Euskirchen und Düren über die Haltestellen Nemmenich, Zülpich, Vettweiß, Jakobwüllesheim, Bubenheim und Binsfeld.

Durch den Gewinn der europaweiten Ausschreibung des Fahrbetriebs der RB 21 Düren – Linnich konnte die Rurtalbahn den Wiederbetrieb der Strecke zum Fahrplanwechsel 2016/2017 in eigener Hand gewährleisten. Mit dem Gewinn der Strecke wurden neue Triebwagen des Typs Lint 54 der Firma Alstom erworben und der Komfort für die Fahrgäste gesteigert.

Seit 2018 arbeitet die Rurtalbahn nach mehrmonatigen Vorbereitungen an der signaltechnischen Optimierung der Streckentechnik. Hierfür wurde an nur einem Wochenende die Signaltechnik der Strecke Düren – Linnich umgestellt. Ab 2021 wird die Strecke Düren – Heimbach an die moderne Signaltechnik angeglichen werden. Durch die signaltechnische Optimierung wurden der Betrieb der Strecke stabilisiert und weitere Fahrzeitverkürzungen ermöglicht. Im Zuge der signaltechnischen Optimierung wurde auch ein neuer Haltepunkt eingerichtet. Der Haltepunkt „An den Aspen“ ist seit dem Fahrplanwechsel 2018/2019 in Betrieb.

Seit dem Fahrplanwechsel 2019/2020 bedient die Rurtalbahn die Strecke der Bördebahn in einem Vorlaufbetrieb inzwischen auch wochentags, statt nur an den Wochenenden. Hierzu modernisierte die Rurtalbahn die Strecke Düren – Euskirchen bis zum Fahrplanwechsel am 15. Dezember 2019. Schwerpunkte hierbei waren die Erneuerung von Gleisen, die Einrichtung neuer Haltepunkte und die Zugsicherung am Bahnhof Distelrath. Die Modernisierung wurde durch Fördermittel des Nahverkehr Rheinland mit knapp 10 Millionen Euro ermöglicht.

Aktuell sind auf den Strecken der Rurtalbahn Fahrgastzahlen von ca. 9.000 pro Tag zu verzeichnen. Grund dafür ist ein qualitativ hochwertiges Verkehrsangebot mit sehr guten Anschlussbeziehungen im Bahnhof Düren zum überregionalen Schienenpersonennahverkehr, welches stetig weiterentwickelt wird.